1、序列分析
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
2、统计方法
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
3、强大的视觉工具
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
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如何用MEGA转化为MEGA可以用的格式?
物信息学实验有时候会要求做一些进化树图,但是我们所得到的序列一般都是FASTA格式,如何将FASTA格式转化成MEGA可以使用的格式呢。
1、打开MEGA软件,熟悉MEGA的版面
2、看到左上角的【Align】点击选择【Edit/Build Alignment】接下来会出现一个小窗口,点击【OK】
3、点击完【OK】又会弹出另一个小窗口,需要选择protein 或者DNA,看自己需要,这里演示先选择protein点击之后出现窗口,之后操作在新窗口中进行。
4、按图中箭头指示点击【Edit】再选择【Insert Sequence From File Ctrl+I】点击之后在文件夹中选择自己要改变的FASTA格式序列,选定之后打开。
5、打开序列我们会看到如下的小窗口,接下来在左上角选择【Date】在子菜单中选择【Export Alignment】【MEGA Format】
6、对刚才打开的文件命名,选择存储位置,命名好之后点击【保存】出现一个小窗口输入和刚才一样的名字进去,点击【OK】就好了,文件格式已转换成功。